Hola, eres contribuyente mexicano, por tanto debes facturar en Pesos Mexicanos, la conversión a Euros la debe hacer tu cliente, es igual cuando compras algo en el extranjero, te facturan en su moneda, no en pesos.
Como no sabes si en Alemania exista la figura de retención de impuestos para extranjeros no debes llenar los campos correspondientes. Ya si el pago te llega por menos cantidad tu cliente alemán te explicará el porqué y si fuera una retención que obliga la Ley Fiscal Alemana, por tratarse de un país que tiene convenio con México para evitar la doble tributación fiscal podrás acreditarlo contra tus impuestos, claro pedriás una constancia ó carta avalando la retención en el supuesto que esto se dé.
Respecto al cliente debes tener los Datos con que le vas a facturar y si tienen número de identificación fiscal lo escribes junto al nombre, no en el campo del RFC.
En Alemania y en general en todos los países que cobran impuestos tienen una cédula, número, etc, de identificación fiscal.
Espero haberte ayudado, saludos.